猪传染性胃肠炎可根据流行病学、临诊症状及病理变化进行初步的诊断。猪传染性胃肠炎鉴别诊断要与以下几种疾病做好区分。
猪传染性胃肠炎鉴别1：猪痢疾一般在2—3个月日龄发病，季节性不是很明显，传播缓慢，而且流行期比较长，易复发，发病率高，死亡率比较低，这一点与猪传染性胃肠炎的区别很大。猪痢疾会出现纤维素渗出及黏膜表层组织坏死，大肠有卡他性出血性肠炎等临床解剖症状，能镜检或分离出含有猪痢疾的蛇形螺旋体病毒。
猪传染性胃肠炎鉴别2：猪流行性腹泻季节性也很明显，主要在比较寒冷的季节发病，比较好区分的是流行性腹泻病猪不论大小几乎同时开始腹泻，大猪在几天后就可康复，乳猪有部分会导致死亡。用猪流行性腹泻病毒免疫电镜或荧光抗体可以检测出猪流行性腹泻病毒或病毒抗原。
猪传染性胃肠炎鉴别3：仔猪白痢和仔猪黄白痢这两种病都是由大肠杆菌引起的，症状、流行特点和病程都不一样，也可以通过细菌分离进行鉴别。
猪传染性胃肠炎鉴别4：仔猪副伤寒多表现为散发性或地方流行性，一般在2—4月日龄发病，没有明显的季节性。急性仔猪副伤寒，发病初期便秘，进而会出现痢疾症状，血便气味恶臭。病猪四肢、耳、腹呈深红色，病程后期变成青紫色。慢性仔猪副伤寒，病猪反复痢疾，粪便颜色呈淡黄、灰白或暗绿色。病猪结肠。盲肠溃烂，并出现假膜。能分离出沙门氏菌细菌，用抗生素对仔猪副伤寒有一定的治疗效果。
