康有为和梁启超先后逃亡到日本。康有为手捧自称是光绪皇帝缝在衣服里的所谓"诏书",继续宣传他的保皇主张。起初,梁启超像从前一样,惟师命是从。可渐渐地,他的政见发生了显著变化,从保皇转向革命。这段时间,他与孙中山、陈少白等革命党人的来往开始密切,有时甚至在三更半夜还拥被长谈,结果便有了合作组党的计划。
梁启超召集其他同学,联名致函康有为,劝他退休。康有为得知梁启超倾向革命的思想之后,非常生气,立即严令梁启超离开日本到檀香山办理保皇会事宜,并狠狠斥责了梁启超一顿。
武昌起义爆发后,康梁之间的矛盾越来越大。在致康有为的信中,梁启超说,"数月来,和您议论起时事,总是出现矛盾,很难领会您的意思,最后只能在表面上答应,回到家后,头痛目眩。您从来不让别人发表意见,自己的观点又不能让弟子心悦诚服,我们真不知道该怎么办才好。"
19元旦,民国成立。对于民国成立后出现的许多问题,康有为"触目伤心",非常看不惯。他加快了让溥仪复辟的步伐。与康有为积极复辟相反,梁启超坚决维护民主共和。张勋复辟一发生,梁启超立即随段祺瑞誓师马厂,参加武力讨伐。他不仅代段祺瑞起草了讨逆宣言,而且以个人名义发表反对通电,斥责康有为是"大言不惭的书生,对政局丝毫不清楚"。据说通电写好之后,有人担心会破坏师生友谊,梁启超却理直气壮地回答道:"师弟自师弟,政治主张则不妨各异,我不能与老师共为国家罪人!"
康有为在张勋复辟失败后,不仅不反省自己的过失,反而将怨气发泄在梁启超身上,咒骂他为"梁贼启超",还写诗将他比喻为专食父母的枭獍。
康梁公开辩难及交恶之后,刘海粟等人积极从中斡旋,二人关系有所缓和。1927年3月31日,康有为逝世于青岛。4月17日,梁启超联合康门弟子,在北京设灵公祭,含泪宣读悼文。在这篇情深义浓的悼文里,梁启超肯定了康有为早年的历史贡献,但也委婉地批评了他在复辟帝制上的错误。