在宏基因组测序中，纳米孔长读长可从复杂多样的宏基因组学样本中组装完整的闭环细菌基因组和质粒，提供无偏倚、免PCR扩增的基因组序列。已有越来越多的科学家使用纳米孔长读长来区分近缘物种，解析具有挑战性的重复区域和结构变异。用户可以选择快速文库制备方案，实时访问测序数据，同时实现微生物组和相关抗微生物抗药性的鉴定。纳米孔技术的可扩展性意味着研究人员可以使用便携式设备Flongle或MinION在接近样品源的地点进行测序，也可以使用台式GridION设备开展大批量测序，获取经济高效的数据结果。
为大家分享近期使用纳米孔测序发表的部分高分文章：
使用纳米孔长读长序列从宏基因组样品中获得完整基因组组装
从含有12种微生物物种的的合成混合物中获得7个完整的单个Contig组装；
对13个人类粪便样品的进行宏基因组分析，生成20个完整的细菌基因组组装
其中包括首个从人类样品中获得的完整环形普雷沃氏菌（Prevotella copri）基因组（见下图）
相比较其它测序技术的组装，基因组更加完整，呈现的片段化更少
利用纳米孔测序技术进行快速微生物鉴定
最快从样品到获得结果的周期约6小时，100％的特异性和敏感性
快速微生物鉴定意味着及时、特定的抗生素治疗
完整的临床宏基因组学工作流程：从痰液样本中去除宿主DNA的效率高达99.99%
使用便携式MinION测序，EPI2ME工作流程进行实时数据分析
通过去除宿主DNA，显着增加了MRSA基因组的覆盖深度，并大大增加了获得的相关数据的比例
通过选择快速纳米孔文库制备和实时数据访问实现快速周转，同时识别微生物和AMR
从样本准备到获得结果的工作流程时间<5小时，其中测序时间约1小时；
使用MinION + NanoOKRT软件实时分析早产儿肠道菌群，包括完整的物种ID和AMR分析
完整鉴定8例早产儿粪便样品中的有益和致病菌种（3名健康儿，5名怀疑败血症或NEC）
使用MinION测序1 小时和6 小时获得的微生物组图谱相同（见下图）
使用跨越整个病毒基因组的纳米孔单分子序列，获得高质量、免组装的天然病毒基因组：
病毒宏基因组测序常依赖于短读长鸟枪法测序和组装，纳米孔测序有望在单条长读长实现获得整个病毒基因组序列，免去扩增和从头组装短序列可能带来的偏好性
作者使用开发的生物信息工作流共获得了1,864个高质量、经矫正的草图基因组，其中在海水深度为25 米、117 米和250 米采集的样本分别生成了566个、93个和1,205个独特的完整基因组
相比单独使用短读长测序和组装，该方法可恢复更多的完整病毒基因组序列
在相同DNA样品中，与从短读长序列组装获得的同源Contigs相比，通过单分子纳米孔测序法产生的免组装基因组（AFVG）更长、更完整。反之，相同DNA样品中的所有与纳米孔AFVG具有同源性的短读长Contigs均被纳米孔AFVG完全覆盖（如下图）
使用纳米孔长读长区分染色体和质粒序列，精确定位废水中的抗菌素耐药基因（ARG）：
全面揭示三个污水处理厂的进水、活性污泥和出水的抗性基因组，同时进行ARGs宿主追踪
ARG侧翼常伴有重复序列，相较短读长序列，纳米孔长读长可以跨越这些重复区域，从而准确解析ARG的位置
纳米孔宏基因组数据揭示大多数抗性基因主要位于质粒或移动元件上（如下图所示）
与进水相比，出水中显示存在多种抗药性细菌，表明它们传播到接收环境的潜力很强。鉴定出的16种微生物中，其中10种具有潜在致病性，以γ-变形杆菌为主
表型-基因型分析证实接合性质粒促进污水处理厂中多重耐药细菌存活和持久性的重要作用
Nanopore测序的实时性和长读长得以快速鉴定并同时追踪污水处理厂中潜在的ARPs（抗药性病原体）
扫描下方二维码获取纳米孔宏基因组测序指南：
我们的目标：
使任何人，在任何地点，
能对任何生物进行分析。
相关阅读
袁国勇院士团队纳米孔测序揭示人和禽流感病毒新型检测和监测靶点
【Nature Biotech】纳米孔测序9天内组装11个高度连续的人类基因组
广东省公共卫生研究院纳米孔测序【CELL】首发—— 新冠病毒基因组流行病学揭示传播规律，提供有效防控依据
【打破Scaffold组装记录】纳米孔测序：世界之最千年巨型红杉
纳米孔宏基因组测序的优势和实测数据展示
联系销售：请扫描下方二维码，我们的销售会在48h内与您取得联系。
