品种改良工作是畜牧业发展不可缺少的一项重要工作。近年来，玛纳斯县清水河乡加大牲畜品种改良，坚持“高效、优质、高产”发展方向，加快牲畜品种改良步伐，强化畜牧业科技支撑，加强了畜禽良繁体系建设、技术服务等工作，着力提高品种改良服务水平和科技含量，以推动优质高产高效畜牧业发展为目标，以开展职工培训为主要措施，确保做到组织领导、技术培训、资金扶持、品种布局“四项措施”落实到位，保证了牲畜品种改良各项措施的落实，使牲畜整体品质有了大幅度提升。全乡共建立冷配点13个：其中固定冷配点6个，流动冷配点7个，乡兽医站每人分配30头牛的冷配任务。计划冷配2500头牛，截止目前，共完成冷配任务650头。
该乡从外地引进了西姆塔尔种公牛、新疆种公褐牛共15头，种公羊共30只为该乡小畜品种改良工作奠定了一定的基础。
