深圳大学和香港中文大学（深圳），虽然都位于广东省深圳市，但是两所学校办学体制并不相同。深圳大学是一所公办高校，也就是说办学经费来自财政预算；而香港中文大学（深圳）属于内地同香港合作办学，也就是说这说学校的属于中外合办类型，换句话说，本质就是一所民办高校。
香港中文大学（深圳）创办于，建校时间并不长，教研体系也不完整，毕竟是新兴高校可以理解。香港中文大学和香港中文大学（深圳）事实上是两所独立的学校，因为香港中文大学（深圳）有独立法人资格，可以负担民事责任，所以他们属于平行关系，在法律意义上不存在隶属关系。
这所学校同温州肯恩大学、昆山杜克大学等中外合作高校本质上是一样的，事实上香港中文大学（深圳）也不避讳这一点，他是中外合作大学联盟，他自己也承认。就因为他具备“中外合作”这个“招牌”，所以他的学费极高，本科生学费每年可以高达95000元，硕士研究生的学费更是离谱，博士研究生的学费每学年都要95000元人民币。没有“中外合作”的“招牌”，国内任何学校不敢如此收费。
深圳大学创建于1983年，虽然建校时间并不长，但是广东省和深圳市对其投入相当巨大，而且获得了清华大学、北京大学等高校援建，并且合并了深圳师专，经过多年发展具有完整的教研体系，而且多次获得国家科技三大奖，绝对是一所正规的大学。综合来看，深圳大学的实力完胜香港中文大学（深圳），毕竟深圳大学已经用多年的办学成果证明，深圳大学的实力和毕业生的实力，而不是靠宣传。
