明朝首都——顺天府北京
靖难之役后的永乐元年（1403年），礼部尚书 李至刚等奏称，燕京北平是皇帝“龙兴之地”，应当效仿明太祖对凤阳的做法，立为陪都。明成祖于是大力擢升燕京 北平府的地位，以北平为北京，改北平府为顺天府，称为“行在”。同时开始迁发人民以充实北京；被强令迁入北京的有各地流民、江南富户和山西商人等百姓等。
明成祖朱棣
永乐四年，下诏兴建北京皇宫和城垣。
永乐七年，明成祖以北京为基地进行北征，同时开始在北京附近的昌平修建长陵。将自己的陵墓修在北京而不是南京，证明明成祖已经下定决心要迁都。
永乐八年，亲征回师后，明成祖下令开会 通河，打通南北漕运。永乐十三年完工，从此北京所需物资可以通过相对经济地运输。
永乐十四年，明成祖召集群臣，正式商议迁都北京的事宜。对于提出反对意见的臣工，明成祖一一革职或严惩，从此无人再敢反对迁都。次年，北京紫禁城正式动工。
永乐迁都北京
永乐十八年，北京皇宫和北京城建成。北京皇宫以南京皇宫为蓝本，而规模更胜一筹。新修的北京城周长四十五里，呈规则的方形，符合《周礼·考工记》中理想的都城的形制。明成祖下诏正式迁都，改金陵应天府为南京，改北京为京师，但在南京仍虚设了没有太多实权的 六部等中央机构，称南京某部。
明朝留都——应天府南京
应天府
应天府，或称京师，是南京在明朝时期的名称，为明朝前期首都，后永乐时期迁都顺天府，应天府作为留都。
明应天府城墙
元至正十六年（1356年）朱元璋亲自带兵分三路用十天时间攻破集庆路（今南京），并改名应天府。洪武元年（1368年）八月，朱元璋以南京为国都，是为明朝京师。洪武十一年（1378年）改称京师，永乐十九年（14）明成祖北迁，以北京为京师，恢复南京之名，作为留都。
南京明故宫遗址
明朝中都——凤阳
明中都凤阳
今安徽省凤阳县，明太祖朱元璋洪武二年定都凤阳，凤阳始称中都，明后即称作明中都。中都有中天而立之都之意，明朝三都即中都凤阳，南都应天，北都顺天。中都建有内、中、外三道城，严格遵循传统的对称原则，着重突出的是中轴线上宫阙的建筑布局。
洪武二年八月，全国统一，朱元璋召集诸老臣，议论建都之地。明太祖听了大臣们关于在长安、洛阳、汴梁、北平等地建都的意见后，认为“所言皆善，唯时不同耳”，随后提出“临濠前江后淮，以险可恃，以水可漕，朕欲以为中都，何如？”朝臣多是淮西人，都愿意衣锦还乡，“皆称善。”洪武二年九月，朱元璋诏以临濠为中都，“命有司建置城池宫阙如京师之制”，后取“中天下而立，定四海之民”之意，改临濠府为中立府，又因中都宫阙建在凤凰山之阳，故改作凤阳。
