刚收获的柴胡种子的胚尚未发育成熟，尚处于休眠状态，需经过后熟阶段。据测定，新采收的柴胡种子胚的体积只占种子胚腔的5.1%，5个月后长到16.69%。在土中层积贮藏种子能加速胚的发育，促进种子后熟。另据观察，层积5个月后，柴胡种子发芽率可达69.1%，发芽所需时间只有15天。
生产上常用的种子处理方法主要有三种：一是沙藏处理，将种子用30～40℃温水浸泡24小时，除去浮在水面上的瘪粒，将1份种子与3份细湿沙混合，在20～25℃条件下催芽约7～10天，当一部分种子裂口后，将种子与湿沙一同播入土中。二是使用生长调节剂处理，在播种前用0.5～1.0毫克/升的赤霉素或细胞分裂素浸种2小时（浓度0.5毫克/升），取出种子用清水冲洗后，即可播种。三是温汤浸种。将种子用30～40℃温水浸种48小时，使种子充分吸水后，捞出控干种子表面水，拌和干土或锯末均匀播入土中。
