两江总督，属于“军机处”特派员，江苏巡抚，属于“吏部”正式官职。一个负责“政策调整”，一个负责“常规事务”，权力上有分配，工作上有合作，各在其位，各谋其政，有权同时上表，参奏弹劾对方…不是四川(太狭缩)、而应是川陕总督，虽清早期一度存在过四川总督。但整个清朝占多数是川陕总督。没有两湖的、就叫湖广总督。总督与巡抚的官衔级别上，总督大于巡抚，行政级别”从一点”、而巡抚为”正二品”，一个管辖几个省(主要是军事方面为主)、另一个只局限管辖一个省。如二江总督、可管辖江苏浙江安徽江西四个省的政务军务，清中期曾国藩就曾担任过二江总督衔，江苏巡抚李鸿章、浙江巡抚左宗棠，都须听从曾国藩调配。分派各省巡抚各个分佈：:给养粮草、兵员后备、军械制造等任务……
品级上总督高半级，实际权力差不多，没有明确的上下从属关系，甚至有很多职能重叠，都是封疆大吏，都直接对皇帝汇报。朝廷用来互相节制的，怕一方权力太大。这也是清代中后期督抚矛盾重重的原因。比如湖北巡抚和湖广总督的治所都在武汉，广东巡抚和两广总督的治所都在广州，同城互不往来。如果笼统地说总督和巡抚，只能从品级上比较。但具体到两江总督和江苏巡抚了，那就不一样了，因为江苏巡抚是个很特殊的存在。满清入关后，先设江南承宣布政使司，后改为行省，巡抚衙门设在江宁府。
后，将江南省内部一分为二，设立“江南右”和“江南左”两个布政使司，此时，江南省依然存在。到了康熙六年，改江南右布政使司为江苏布政使司，改江南左布政使司为安徽布政使司，此时江南省还是江南省。又过了93年，到了乾隆二十五年，正式设江苏、安徽二省，并定江宁府为江苏省会，安庆府为安徽省会，终清朝一代（不含太平天国），江苏省的省会都是江宁府，而不是苏州府，这一点在网上有讹传，以为江苏巡抚衙门在苏州，所以江苏省会就在苏州，这是错的，有疑问的可以去查清史稿。
因为两江总督驻地在江宁，所以江苏巡抚衙门搬到苏州。而江苏自此实际分为二省，江苏巡抚只实际管辖常州、苏州、松江三府，江宁另设江宁布政使，管辖江宁、镇江，和淮安、扬州两府直接归两江总督管辖，并不受江苏巡抚管辖。在清末还曾经有过“江北省”的提议，不过没有实施。江苏巡抚的尴尬就是两点，一是名为江苏巡抚，但管不了大部分江苏；二是名为江苏最高官员，却不能在法律意义上的江苏省会办公。
也就是说，自战国以来，除了张士诚政权那几年，江苏的大部分地方如扬州淮安泰州南通镇江盐城是从来没有被苏州管理过，徐州宿迁连云港是包括张士诚政权在内都没有被苏州管理过！如有疑问可以去查二十四史。安徽巡抚一直驻扎在安庆，而安徽布政使却和江宁布政使一起驻扎在江宁。清朝为了瓦解这个明朝最发达最富有最文明的地区可谓煞费苦心。两江总督在管辖原江南省的区域同时，又节制江西省，实在是位高权重。
江苏巡抚管着江苏布政使司，只管着江苏省的除南京外的大约只占江苏省三分之一的地盘，并且还是在两江总督的管辖、节制之下。而驻南京的江宁布政使司直接在两江总督的管辖下，管辖着南京属地和整个江北占江苏省约三分之二的地盘。两江总督执掌苏皖赣三省军政大权，而有文章说苏州那里只是相当一个副省级。
