青山刚昌早年创作柯南时，计划是3个月完结漫画的。青山老师在设定漫画风格时，是与当时主流的风格反着来的，台词多，动作场面少，以小孩的视角进行推理探案，青山老师可谓冒了很大的风险。然而，青山老师别具一格的动漫风给当时厌倦了英雄万能的漫迷们注入了新鲜血液。青山老师20多年来笔耕不辍，《名侦探柯南》最终成为深受大众喜爱的产业文化。
起初，黑衣组织给人的感觉是琴酒和伏特加两人唱主调，并没有像如今这般是笼罩着神秘色彩的跨国组织。在File.16话《恶魔般的主使者》，柯南从宫野明美口中得知黑衣组织的代表色是黑色；在File.33话《黑色公事包之谜》，柯南得知黑衣组织的成员代号是酒名。当时TV版的主创们觉得主线故事没有破案推理精彩，干脆给屏蔽掉了，因此在TV版中留下了无法弥补的BUG。
灰原登场后，主线故事正式展开，情节也越来越吸引人，不过已经是漫画第18卷了。灰原的加入，预示着黑衣组织将贯穿整个系列，于是柯南的主线也成了史上最拖堂的故事了，一晃20多年过去了，黑衣组织的boss只看到一个剪影。假设当时青山老师一开始打算在3个月（18卷以内）完结的话，最初被设定的boss应该会在漫画中表现出来，而boss最大可能是阿笠博士了。
工藤新一被服药变小后，并没有意识到琴酒背后组织的恐怖。他醒来，被警察发现带到警察局。变小后，柯南还坦诚自己就是工藤新一，不过他无论如何解释，都遭到了他人戏弄。万般无奈的他，只得跑回家中，中途险些遭到狗的袭击。
由于身高变矮，柯南连自己家都进不去，阿笠博士这时因实验失败被烟给熏了出来。心急如焚的柯南向阿笠博士解释一切，阿笠博士在证实柯南就是工藤新一时，要求柯南不能暴露身份：“除了我之外，你变小的事绝不可以跟别人说……如果歹徒知道你就是工藤新一的话，他们还会来要你的命的……”
现在看来，博士这句话非常令人费解，博士当时只知道到黑衣组织成员涉及枪支走私，并不知道其他细节，就断然认定那些歹徒会来找工藤。在柯南看来，只要找到那两个黑衣组织成员，就可以拿到解药了，事情就迎刃而解了，柯南一挑四都能搞定，何况两个黑衣人，而且在博士没把事情说大前，柯南还打算告诉小兰他的身份。柯南的表情是诧异的。
由于阿笠博士这句话，当时好多漫迷都觉得阿笠博士是为了隐瞒制药的事实，如果柯南变小的秘密被外人知道了，自己的“组织boss”身份也会暴露。柯南换上了小时候的衣服后，他还管阿笠博士制作解药，阿笠博士的回答是支支吾吾的。所以，阿笠博士的出场表现着实让人跟最终boss联系在一起。
不过，“阿笠博士boss论“随着主线故事推进，渐渐消弭。阿笠博士最终洗白是在TV 421~422《银杏色的初恋》，这是一个关于阿笠博士和初恋情人沉淀40载的浪漫爱情故事，故事中双方再次约定后在银杏树下相见，其实这已经是暗示阿笠博士未来美满的结局了。
