先说答案：科学的方法证明不了上帝不存在，因为科学和上帝的存在本来就是对立的，对立的双方用自己的方法证明对方的错误是不会令人信服的。按照矛盾律，对立的双方只能斗争和妥协统一，这也解释了为什么许多著名科学家甚至伟大科学家还信奉上帝的原因。
牛顿的科学观中存在上帝
牛顿
比如说牛顿研究了一辈子的科学，出了那么多科学成果，但是他在晚年笃信上帝，甚至在解释物体（天体）最初的运动从何而来，即“第一推动力”的科学问题上，他坚信最初是上帝先推了一下，这就是著名“上帝是第一推动力”说法的由来。
因为牛顿力学理解的小质量天体如果不做圆周运动，则总是落向大质量天体，这样大到宇宙到最后也必须由上帝来托着，并且像机械钟表一样，上帝要定时给宇宙上上弦，拨动一下，否则宇宙会最终停下来，所有物质聚于一点。这说明物体一开始的运动肯定是上帝推动的。所以最终牛顿信了神学，因为他研究到最后觉着确实离不开上帝。
实际上不只是这个问题，每当他研究的科学问题走入死胡同时，他都归入上帝或幽灵。在解释万有引力是如何传递的问题时，他简单粗暴地归咎于超距作用，因为无论多么遥远天体之间的引力都是不需要时间的观念与直观相符合（无论各运动天体之间，还是地球上物体在运动变化中感受到的“重力”作用都是持续的，丝毫感不到作用时间）。但这个“超距作用”在物理上和作用机理上是很难解释的，所以才被爱因斯坦称为“幽灵”。
“幽灵”当然也属于上帝之流的东西，可见伟大如牛顿也照样陷入科学与上帝、真理与迷信之间的迷茫。那爱因斯坦又如何呢？
爱因斯坦的宇宙观
爱因斯坦确实在“第一推动力”和“引力的本质和传递”等问题上比牛顿研究的更深入了。他颠覆了牛顿的绝对时空观，建立了相对时空观。他在创立了狭义和广义相对论后提出了“有限无界”的静态宇宙模型，无界即无外，宇宙自给自足自洽，没有给上帝留下位置。时间上没有开端和结束，因此更不需要上帝来推第一下。总之，上帝是不存在的。
关于引力的问题，他认为引力只不过是时空弯曲的几何效应。小天体围绕大天体作圆周运动，看起来很像是因为受到了大物体的引力作用。而实际上这是小的天体在沿着大天体周围的空间作“测地线”运动，“引力”可以说是不存在的。
引力既然不存在，当然就不会存在小天体在大天体引力作用下最终落向大天体的问题，除非它选择的就是奔向大天体的路径。也不需要上帝来经常拔动，并且运动是物质的存在形式，是与物质同生的，因此也不需要上帝来推动第一下。
另外，“引力”虽然被认为是一种效应（即引力场），但这是大质量天体引起周围时空弯曲产生的几何效应，因此无论是天体使时空弯曲、还是天体自身的变化（比如星体并合或加速运动）产生的引力波动，都会有个向外传递的过程，
爱因斯坦认为这个传递不是超距的，是需要时间的，它是有速度的，它的速度是光速。关于引力波的传播速度是光速的预言已经在黑洞并合和的双中子星并合观测中得到证实。至于引力场以光速传播的第一个观测证据是我国科学家于发现的。
爱因斯坦的局限
由上可知，爱因斯坦确实在引力本质和传递问题上做了非常有益的探索。第一推动力和引力传递的问题似乎得到了解决。爱因斯坦用科学的方法似乎证明了上帝是不存在的。那么在爱因斯坦心中就没有什么困惑和担忧吗？
他觉得自己是完全能悟透这个宇宙、主宰这个宇宙的人吗？答案当然是“不”。爱因斯坦还有很多问题没有解决，或者说没有彻底解决。比如说，为什么大质量天体会弯曲时空？又是如何弯曲时空的？
宇宙是膨胀的，因此就不能说宇宙体积是静态不变且“有限”的；现在主流观点认为宇宙（包括时间和空间）是大爆炸产生的，因此就不能说时间没有开端；有的人对“无界”也有不同看法，
比如多重宇宙、平行宇宙、虫洞相连黑洞和白洞的正反宇宙等概念的产生，还有，在超过我们四维时空的高维空间生物看我们的宇宙根本就不是“无界”，所有这一切都给了上帝存在的机会和位置，
因为我们对这些到目前为止还不清楚，我们实在不能用科学的方法证明上帝存在或者不存在，科学还需要完善发展。
小结
总之，上帝存在与否的问题会和科学长期并存下去，没有任何科学的方法能证明上帝是不存在的。当然，反过来，宗教信仰也永远战胜不了科学。也没有任何方法能证明科学的失败和对它存在性的质疑。我相信，一般人心目中的那种上帝是不存在的，科学虽然不能证明，但随着科学的极度发展，科学上会创造出一个个超越上帝的神话。
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