他的武功大部分是王重阳教的，东邪西毒南帝北丐中神通五人中，当属于王重阳武功略胜一筹，但其实差距不大，而周伯通跟了其中最强一位学武，再加上自身习武的悟性级高，非常人所能及，所以学的很快，除了那五个人，基本就数周伯通武学最为精通了，如果当初不是与瑛姑的缘由，或许周的武功能够超过王重阳。但是王重阳都教了周伯通什么？只是全真教的一些口诀心法，外加上一些全真教的招数。周伯通真正厉害的武功还是左右互搏和空明拳。
在不知不觉中修习了《九阴真经》的周伯通内力应该是大进的，招式也是大为进步的。此时的周伯通是超过东邪西毒北丐等人的，而且将几人拉开的距离应该是不止一筹的，否则是小看了这部身为天下武学总纲的《九阴真经》。这个可以从下面一段原文看的出来，周伯通武功高出东邪西毒等式几个层次，而不是略胜一筹而已。
在射雕中，周伯通刚刚学会了九阴真经以后，曾经用黄药师试过一次九阴的武功，原文中是这么写的：“黄药师又惊又怒，想不到他内功如此深湛，就在这片刻之间，把两册经书以内力压成了碎片，想起亡妻，心中又是一酸，怒喝：“老顽童，你戏弄于我，今日休想出得岛去！”飞步上前，扑面就是一掌。周伯通身子微晃，双手并未脱缚，只左摇右摆地闪避，只听得风声飕飕，黄药师的掌影在他身旁飞舞，却始终扫不到他半点。这路“桃华落英掌”是黄药师的得意武功，岂知此刻连出二十余招，竟然无功。”
周伯通最厉害的武功就是《九阴真经》。详见神雕里面的这么一段话：郭襄刚才只是好奇，与他打了这个赌，本不想得什么好处，心想我便和他开个玩笑。道："周老爷子武功如今是当世第一，我便要你把你最厉害的武功拿出教我."周伯通一呆，心想本来教你一套武功倒也无妨，可是老顽童最厉害的武功乃是一部《九阴真经》，如何教了与你？如此看来，九阴真经实在是一本邪术，郭靖学会了九阴真经在几个月内就成为一流高手，杨过小龙女也都学过九阴真经，不得不说，周伯通最厉害的武功还是九阴真经了，要比双手左右互搏和空明拳更厉害。
