本期接着上期内容，继续给大家介绍基于MS/MS的数据非依赖法非标记定量蛋白质组学蛋白质互作分析。
TOF仪器上使用SWATH™采集的MS/MSALL和四极轨道飞行器上的DIA复用等方法，似乎克服了部分限制，并以足够的速度提供阶梯式隔离窗口，以覆盖目标复合质量范围。
与SRM等已建立的方法相比，这些方法保持化合物特异性的能力仍然存在疑问。对于确定肽SRM数据的独特离子特征的一系列尝试表明，使用低分辨率检测扫描进行预测可能不合适，高分辨率检测扫描和保留时间均需要考虑，从而使DIA能够成功地应有于定量蛋白质组。在这些研究中，他们对信号检测的选择性进行了评估，表明SWATH等技术确实是提供了类似SRM的选择性。
SWATH定量蛋白组学一般流程（图片来源：百泰派克生物科技）
在基于陷阱的探测系统中，为了减少空间电荷效应，需要限制分析离子的数量，这可能会减少定量的动态范围，然而最近的研究表明，空间电荷效应会根据信号强度将类似质量的离子聚集成单谱峰，进一步影响数据质量。TOF检测系统提供的分辨率比基于FT的仪器更低（约25000），但其更高的扫描速度允许更快地覆盖目标质量范围，从而增加色谱峰上的点数并改进定量。基于飞行时间的探测系统还提供了一个不受空间电荷影响的线性动态范围，因此可以证明其是定量DIA的优越仪器。
DIA的使用将有可能扩大现有文库的使用范围，为公共文库的进一步发展提供动力。此外，DIA还有一个独特的功能，即对样品中可检测到的所有化合物进行完整的MS/MS数字记录。这种记录允许某种假设在生物学研究过程中发生变化，因此库中的数据可以用来探测样本中的蛋白质，这些蛋白质最初不是在样本中被作为目标识别的。
Gillet等人使用一组样本数据对不同的假设进行了测试。DIA方法的这种能力为数据共享和测试开辟了新的途径，但也要求更多关于样品制备和细胞系/类型的信息与公共存储库中的数据一起存储，特别是在互作蛋白的研究中，其实验条件对理解潜在蛋白相互作用的性质至关重要。
文献参考：Stephen Tate. et al, Label-free quantitative proteomics trends for protein-protein interactions, Journal of Proteomics, .
本文由百泰派克生物科技整理编辑。百泰派克生物科技专注于基于质谱的蛋白质组学服务，结合亲和纯化与Label-free、SILAC或SWATH定量技术，百泰派克生物科技开发了一系列蛋白质组研究策略，其灵敏度高、重复性好，非常适合蛋白质相互作用的研究。
