大家在进行差异基因表达分析时,会得到一批显著差异基因,接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能,常见的就是GO功能注释和KEGG(pathway)通路富集分析。那么,啥叫GO功能注释呢?啥是KEGG?
作为小白的我真是有点混淆呢!今天就给大家详细介绍一下GO/KEGG的强大之处!以及我们如何从这批差异基因中如何得知他们参与的功能与通路。
GO(gene ontology)
先说说GO,GO(gene ontology)分别从功能、参与的生物途径、细胞中的定位,对基因产物进行了简单注释。所以通过GO富集分析可粗略的了解基因富集在哪些生物学功能、途径或细胞定位。
KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)
再来说说KEGG,大多数听说过KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)的人都会把它当做一个基因通路(Pathway)的数据库,其实它的功能远不止于此。KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的综合数据库。KEGG拥有好多子数据库,而其中有一个数据库叫做KEGG Pathway,专门存储不同物种中基因通路的信息,也是大家用的最多的一个,所以,久而久之,KEGG就被大家当做是一个通路数据库了。
现在问题来了,我们手握这么一批差异基因该如何知道他们参与的功能和通路呢?所以主角闪亮登场,就是今天要给大家介绍的,可以找到差异基因参与的功能与通路的在线分析工具——DAVID与KOBAS。
GO与KEGG富集分析,往往同时出现在不同场合,DAVID其实就可以做GO与KEGG富集分析,但相比之下,KOBAS画出的图更赏心悦目,但KOBAS不支持直接输入gene symbol ,所以我们常常联合DAVID和KOBAS一起进行使用。
话说David到底有多神奇呢?据统计仅DAVID这一个软件就发表了10篇sci文章,其中5分以上7篇,累计影响因子将近85分。其他用DAVID进行分析并发表的文章就更不计其数了。DAVID数据库分为几块,分别是功能分析、ID转换、基因功能分类、基因查找等。DAVID需要用户提供感兴趣的基因列表,在基因背景下,使用提供的分析工具,提取该列表中含有的生物信息。这里说的基因列表和背景文件的选取对结果至关重要。我们得知他们参与的功能和通路后,可根据kegg/go结果来选择自己的研究方向啦。那么集万千优点于一身的“大卫”,该如何操作使用呢?
今天给大家推送的就是关于DAVID&KOBAS的使用方法,希望能够帮助大家在科研工作中少走弯路,都能早早的顺利发表自己文章。以下为课程目录。
DAVID使用教程(自制视频教学&PPT)
DAVID数据库简介
DAVID功能注释
DAVID基因ID转换
KOBAS数据库使用教程(自制视频教学&PPT)
KOBAS数据库简介
KOBAS功能注释
KOBAS基因ID转换