阴阳为分类法，五行也是分类法。但阴阳与五行之间有着完全不同的应用范围和意义。
阴阳是用来分类同一事物的两个方面，是用来表述同一事物的不同两个方面的，是相对论。而五行却是用来区分不同事物并用来阐述不同事物之间的关系的分类法，是系统论，和相对论无关。
阴阳是表述同一事物具有相对关系的两个方面，例如上和下，表和里，快和慢。都是相对的概念，也是分开探讨之后就没有意义的事物。离开上，无所谓下，离开快，没法谈慢，离开表，不能谈里。也就是说“孤阳不生”。
五行之间的相互作用关系是不同事物之间的作用关系，不存在这种依存关系。金木水火土都是独立的存在，没有谁离不开谁的依存关系。但五者之间在一个整体内时可以相互影响相互作用，离开整体又可以独立存在，可以没有这样的相互联系。
阴阳的关系是相对论的观点，五行的作用是系统论的观念。
阴阳是表述个体内部相反相成的一对矛盾的，而五行是用来描述一个系统内不同个体的相互作用和关系的。
任何事物内部都可以用阴阳来表述其相反相成的平衡的两个方面的作用。根据不同的需要可以用阴阳来表述事物不同的属性方面。如空间关系属性、物理性质属性、时间属性等等。
任何不同事物之间也可以根据五行的不同分属，而可以对其之间的相互作用按照五行之间的作用特点进行论述。
但，一个系统之内的不同个体之间的相互联系可以用五行关系进行阐释，而对于不同系统的事物，又可能没有任何相互作用。
如果要探究个体之间的相互作用，就要将其纳入同一系统之内。这就如同中药治疗人体疾病一样。药有五行归属，但如果没有和具体的人体发生联系的时候，这种五行归属对人体的脏腑和功能并不发生影响。
所以，五行之间的联系，还是一个系统内的联系。脱离了有相关性的系统，五行之间也失去了生克制化的作用，也就没有了意义。
中医就是利用阴阳的相互依存性来阐述一个事物内部的平衡关系，而用五行的生克制化及制衡关系来阐述一个系统内部不同个体之间的相互作用和平衡关系的。
阴阳是事物存在着的根本属性，而五行是个体存在环境中相互联系的个体之间的各种相互作用。
对五行而言，每一行作为一个个体，都有阴阳的不同部分。因此，木可分阴阳，即阴木与阳木；火可分阴阳，即阴火与阳火；土可分阴阳，即阴土与阳土；金可分阴阳，即阴金与阳金；水可分阴阳，即阴水与阳水。也可用阴阳的标示法进一步进行标示。
而五行大系统所在的事物作为一个整体，又可以分阴阳。
将一个系统放入到更大的系统，我们可以把这个系统作为一个事物来看待，这个事物就有了相对的阴阳划分。
一般，木、火具有生发炎上的特点归为阳，金、水具有肃杀、向下的特点归为阴。而土居于中央，孕育万物，在这个系统中难以单纯按阴阳来简单归属。
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