然而，法国对中国收复南海诸岛并不肯善罢甘休。1947年1月16日，法国一架飞机飞临永兴岛上空侦察。18日上午，法国军舰“东京人”号驶抵永兴岛，派兵登陆，要求我方驻守人员撤离，被海军电台台长李必珍严词拒绝，并令法军立即退走。全岛随即进入紧急备战状态，严阵以待。
同时急电海军总司令部报告，海军总司令部复电：“坚守国土，妥为应付，不首先开火”，并命令进驻舰队准备支援。法军登岛部队见无机可乘，只得撤退，但“东京人”号仍滞留在永兴岛海面，24小时后方才撤离，转而驶往珊瑚岛登陆，驻兵20名。对此次法军进犯西沙事件，外交部长王世杰于19日下午4时约见法国驻华大使梅理霭，申明西沙群岛主权属于我国，质询法国海军在西沙活动，是何意图? 之后，外交部正式照会法国大使，抗议法军侵占我珊瑚岛。同时中国驻法大使以同样照会送达法国政府。国防部部长白崇禧也发表谈话谴责和抗议法国入侵珊瑚岛。
在这种情况下，海军筹备执行第二次进驻西沙、南沙群岛任务。1947年4月14日，姚汝钰率“永兴”、“中基”二舰，由广州出发，经榆林港驶往永兴岛。对驻西沙官兵进行半年的后勤补给，并准备在珊瑚岛架设电台，派兵进驻。和第一次进驻相比，这一次随行的各部门专业人员更多，有中央研究院植物研究所、地磁研究所、青岛海洋研究所、经济部地质调查所、资源委员会矿测处等单位的专家，以及中山大学地理系和生物系的师生。
在收复西沙和南沙群岛之后，南海情况引起各界人士的广泛关注，不断有人要求考察和建议开发。国际气象组织也要求中国在岛上开展气象观测工作，建立航标灯桩。所以对群岛自然和资源状况进行调查成为了此次进驻工作的主要组成部分。另外海军总司令部还派电工处长曹仲渊陪同印尼归侨周苗福，以及前湖南省主席吴奇伟一行随舰往西沙考察，准备为开发该群岛提出建议。进驻指挥部特别邀请铁道部琼崖铁路工程处吴廷纬处长选派的工程技术人员随舰赴永兴岛，帮助规划修建码头和栈桥。尽管实施补给和进行调查任务繁重，不过事先准备工作充分，都能按部就班的顺利完成。但最为遗憾的是，进驻珊瑚岛的计划未能执行。
4月24日，编队在永兴岛完成任务之后直航珊瑚岛。在岛外海面，军舰停驶察看，发现岛上屋顶悬挂着一面破旧的法国国旗，遥望只见蓝白二色，红色部分已经破碎不堪。岛上人员看见中国军舰到来，都在紧张地跑动，证实1月份法军侵占珊瑚岛后并未撤退，编队立即将情况向海军总司令部报告，请示对策，回电指示：“暂停进驻”。舰队只得返航，于4月底回到广州。广东省派驻永兴岛的行政官员也随舰调回广州。
舰队回到广州后不久，海军总司令部另调“中业”舰运载补给南沙群岛的物资及有关人员到达广州向指挥部报到。1947年5月8日，姚汝钰率“永兴”、“中业”二舰离开广州驶往南沙，10日到达榆林港，正值南中国海上空为低压气团控制，14日强台风又袭击榆林港，舰队连日停港避风。5月18日，气象台报告将有一周晴好天气，舰队连夜出港，于21日下午16时到达太平岛以西约1海里处抛锚，人员随即登陆，枪运物资。台湾大学地质系副教授郭令智、助教宣桂清及研究员范传波3人受系主任兼海洋研究所所长马廷英博士的委派，携带仪器乘舰登岛，进行了地质、海洋等一系列的科学考察工作。
上海《大公报》记者黄克夫随舰采访，发出了第一条来自南沙群岛的新闻专电，主标题是《守卫我最南疆，我两舰驶抵太平岛》，副标题是《防军在废墟上积极建设》。《大公报》于23日用大字花边将专电刊出。接着，又于6月29日、30日、7月1日连载黄克夫记录南沙群岛之行见闻的《实踏纪》。全部任务于24日下午完成，舰队随即返航，27日抵达榆林港，稍事休整之后，于6月3日返抵广州。
