一是华佗到底来自何方。
一般的历史记载认为华佗为东汉末年沛国谯(今安徽省亳州市谯城区)人。然而，华佗的著名麻醉医术“麻沸散”的主要成分有人认为是“蔓陀罗花”，而此花主要生产于印度，因此有人认为华佗是印度的天竺医生，而且有些医史学家考证出，华佗所用的治疗方法在印度医学中有所记载。
二是华佗到底因何原因而死。
关于华佗之死，历史上有不少传说，当然，被曹操杀死似乎没有争论，争论的是死亡的原因。根据《三国演义》记载，曹操因怀疑华佗谋害他而将他杀害，因为华佗为曹操治头疼病要使用斧头将其脑袋砍开，也就是开颅，曹操不信其医术，以为是要他命，大怒，将其打入监狱、幽禁而死;而《三国志》记载是：“此近难济，恒事攻治，可延岁月。”也就是华佗认为曹操的病实际上治不好，只能用药物延长其寿命，后又托其妻有病要照顾回到家不给曹操治病，后曹操多次请他来治病，华佗却不肯来，曹操探明真相后大怒，将其抓获，最后杀害了华佗;而范晔的《后汉书》说华佗是“骄傲、性恶的小人”， “为人性恶，难满意，且耻以医见业……恃能厌事，犹不肯至。”最后被曹操所害。
三是华佗的麻醉药主要成分到底是什么?
关于华佗制作的麻醉药“麻沸散”中的主要成分到底是什么，历史上有两个观点：一是认为“麻沸散”的主要成分是“蔓陀罗花”，来源于印度;一是认为“麻沸散”的主要成分是吗啡，因为麻沸不就是吗啡的另一种翻译吗?
四是华佗到底著书没有?
关于华佗的医学著作，历史上有各种传说，说他著有《青囊经》、《枕中灸刺经》等多部著作，可惜都已失传，笔者很有疑问，有后人有弟子的华佗，却不能保管他一点著作。而《中藏经》、《华化方》等医书，虽被人认为是他的著作，实际上却都是后人假托的。
五是吴普、李当之、樊阿等人到底是不是华佗的弟子。
《三国志》、《后汉书》都有记载三人都是华佗的得意弟子，而且此三人都是当时著名的医生，寿命都在百岁以上。而此三人为什么没有保留华佗的任何著作?所以，笔者认为，这是不是他们冒充为华佗弟子，因为后来许多医学著作都成冒充为华佗所著，而此三人为了成名和利益，竟冒充为其弟子。再说，三人的寿命均在百岁以上，但无考证，是不是道家所为。中国历史上的道家传说的道家人物寿命均很长，而中国医学与道教有着千丝万缕的联系。
六是华佗的医术从而而来，其医术到底有多神。
据《三国志》和《三国演义》记载，华佗的医术那是炉火纯青，已经到了无病不能治的地步，尤其是给关羽那段刮骨治病的精彩记载更是印证了这一点。但是，华佗的精湛医术从何而来，有关书籍说他无师自通，只不过是读了几本经书，笔者在此恍然大悟，华佗的医术只不过是道教的讹传，因为这是道家最擅长的本领。而且，也有华佗治病很不行的记载，如有记载说“华佗移居许昌后有医无类，不论病得多重的人也全力拯救，结果往往失败，被评为"医死人大夫’，生活每况愈下”。可见，华佗的医术有值得怀疑的地方。
七是华佗到底给关羽治过病没有?
关于华佗给关羽治病，在《三国演义》中那是十分精彩，一方面说明了关羽的英雄气概，一方面说明了华佗的医术高明，这也是后人把华佗评为“神医”的证据之一。然而，《三国志》和《后汉书》均无此记载，可见其可信度那是相当的低。
八是华佗死后到底葬在哪里?
目前，我们知道的华佗墓在全国共有三座：一座在江苏省徐州市南郊，一座在安徽省亳州市，一座在许昌市北15公里，苏桥乡石寨村西南的石梁河畔。华佗死后到底葬在哪里?历史上为此争论不休，而且传说不少，尤其是现在，当然，这里面有经济利益的追求。葬许昌的依据是华佗被害在许昌;葬徐州传说是其弟子徐州人樊阿将其脑袋偷葬于此;葬亳州是因其落叶归根。到底哪是华佗的安息之处，谁也没有可靠的依据。
当然，关于华佗的疑问还有很多，如华佗到底是不是中医针灸的发明人，在我国的历史传说中，华夏文明的始祖伏羲是中医针灸的发明人。伏羲氏不仅画八卦，结绳为网，教民田猎，而且“尝百药而制九针”(《帝王世纪》);华佗到底是不是外科医术的鼻祖，据《史记》记载，黄帝时代有一个神医叫俞跗，他“治病不以汤液醴酒，石挢引，案毒熨，一拨见病之应，因五藏之输，乃割皮解肌，诀脉结筋，搦髓脑，揲荒爪幕，湔浣肠胃，漱涤五藏，练精易形”。如果不是传说，我们完全应该尊奉俞跗为中医外科学的鼻祖
