企业所得税存在季度预缴、年度汇算清缴等多个申报时点，如何确认税款补缴期限？到底是以年度最后一次预缴限期即次年1月15日的次日确定未缴少缴税款的补缴期限的起算时点,还是以汇算清缴的纳税限期即次年5月31日次日为补缴期限的起算时点呢？
5月13日，深圳市国家税务局稽查局（以下简称“市稽查局”）作出《税务处理决定书》，决定追缴深圳市科拓投资有限公司（以下简称“甲公司”）度少缴的企业所得税7646038.20元。甲公司不服，申请行政复议，深市国税局于10月9日撤销了上述税务处理决定，并责令被告重新作出处理。1月5日，稽查局重新作出《税务处理决定书》。甲公司不服，申请行政复议，深圳市国家税务局于5月10日予以维持。甲公司仍不服，遂向法院提起行政诉讼。
诉讼中甲公司主张已按核定征收方式缴纳了其度的企业所得税802573.58元，市稽查局未否认。甲公司提交的银行委托收款凭证显示，甲公司于4月9日缴纳第一季度企业所得税，于7月16日缴纳第二季度企业所得税，于10月18日缴纳第三季度企业所得税，于1月15日缴纳第四季度企业所得税。
争议焦点：稽查局要求甲公司补缴税款有没有超过法定期限。
法院观点：年度最后一次预缴期限即次年1月15日第二日应为补缴税款的起算时点。汇算清缴是对企业每年度的所得税进行汇总计算、提供材料以及证据，多退少补的一个过程。在此之前，纳税人已经按照当期发生的纳税义务预缴了企业所得税。从税收中性以及保护纳税人合法权利的角度考量，税务机关不宜将补税期限的起算时点延长至汇算清缴终止之日。税款补缴期限应以年度最后一次预缴限期即1月15日次日确定未缴少缴税款的补缴期限的起算时点。
本案中，甲公司缴纳第四季度企业所得税的时间是1月15日，依照《中华人民共和国税收征收管理法》第五十二条规定，如认为甲公司少缴纳企业所得税，应在1月15日前要求甲公司补缴，但稽查局5月13日才要求甲公司补缴，超过了三年补缴期限。
市稽查局观点：年度汇算清缴结束，补缴期限起算时点应为6月1日起三年内。
依照《中华人民共和国企业所得税法》第五十四条的规定，甲公司应当自年度终了之日起五个月内报送年度企业所得税纳税申报表，即甲公司应在5月31日前汇算清缴度企业所得税，因此，其追缴期限应为6月1日起三年内，其于5月13日已作出《税务处理决定书》，未超过追缴期限。
