明朝的鼎盛时期当属永乐年间，清朝的鼎盛时期，当属康熙帝国。若这两个时代的两军交战，我认为是明朝胜算较大。
帝国领袖——朱棣VS康熙
朱棣是天生的军事家。幼年便跟随父亲朱元璋行军打仗，勇武过人，多次在战争中立下汗马功劳，在军队中颇有威信。
朱棣的成败，是在靖难之役决定的。当时建文帝削藩，不愿忍受屈辱的朱棣决定起兵谋反。但当时的大明王朝，是非常强大的，守有耿炳文一类的名将，战有蓝玉遗留下的精兵，从哪方面来看，朱棣成功的几率几乎都是为零的。
朱棣在危难之中，出骑兵绕开济南，直捣南京城。
朱棣当上皇帝之后，励精图治使得大明朝空前强大，但这里，只说朱棣的军事政绩。
朱棣一生5次北伐蒙古，将蒙古残余势力几乎消灭，同时南方平定了安南。
朱棣的一生基本都是在战马上度过的，年少时随军打仗，最后战胜蒙古时死在返回的途中。
再看康熙。康熙也是很强的，不然也不会建立康熙帝国。
康熙年少时继位，鳌拜掌权，等康熙长大后，鳌拜却不愿意归回权力，于是康熙设计拿下鳌拜。这是康熙在历史上第一次的成绩。
康熙也曾多次御驾亲征，多是清除叛军，而且在亲征过程中，任用的人才是非常关键的，所以康熙的军事能力并未体现出来。
而且康熙没经历过朱棣那般置之死地而后生的绝境，打的仗也多是兵力压制，并不像朱棣那也，孤独一掷。
综合国力——明朝VS清朝
朱棣和康熙时期，皆是两个朝代的顶峰时期，国力空前强盛，百姓安居乐业。而且两个人都有比较着名的代表作，朱棣有《永乐大典》，康熙有《康熙字典》。
盛世，没事才搞搞创作。
《永乐大典》历时一年编撰而成，《康熙字典》不清楚。但编撰《永乐大典》的人就相对比较厉害了，明朝第一才子解缙，姚广孝等。编撰《康熙字典》的张廷玉、陈廷敬，不太熟。
朱棣时期，郑和下西洋，耗费大量钱财，朝廷出。康熙时期，闭关锁国。
朱棣时期，对外发动多次战役，所需钱财，朝廷出。康熙皇帝，平了几次反，花费不多。
朱棣时期，花费许多钱财用来搞外交，扩疆土，说明明朝还是有钱。康熙时期则不同，但也不能说康熙没钱。
只不过，若是两军对峙，长期以往，朱棣将搞外交的钱都拿出来投放在军事上，康熙定不能长期和朱棣对峙下去。
军队作战能力——明军VS清军
明朝战斗力最强的时候应该是蓝玉北征时的那支军队。清军战斗力最强时期应该是皇太极、多尔衮时期的八旗军。
但蓝玉时期，明朝的武器装备还没有那么完备，所以就只好把朱棣北征时的那支主力部队――神机营，也交给蓝玉来指挥，蓝玉的部队就是十二万明军加上神机营。
神机营“内卫京师，外备征战”，装备主要有火枪、火铳等，后期还添置了火绳枪。
作战方式：
“神机铳居前，马队居后”，火器步兵配合骑兵。
神机营人员组成：
再来看看清军。
努尔哈赤、皇太极时期的清军其实并不仅仅是满族人，还包括大量的蒙古人和汉人。
军队人员组成：
八旗兵是集行政、军事、生产于一体的军国制度。《八旗通志》中记载，在万历43年，后金共有400个牛录，308个是满族和蒙古族混编而成，76个是蒙古族牛录，16个是汉族牛录。一共有12万战士。
另外，皇太极时代，组建了一支专门的火炮部队――乌真超哈，全部由汉族士兵中精通火炮操作的战士组成。
综上所述，如果明朝巅峰时期和清朝巅峰时期打仗，我认为是明朝胜。
