我们先聊巡航导弹。巡航导弹又称为飞航式导弹，它如同一架无人飞机，需要依赖导弹本身的气动布局来产生升力，然后在大气层内部长时间匀速飞行。
其飞行弹道由发射段（起飞爬升段）、巡航段（水平飞行段）和攻击段（俯冲下落段）组成，这里面的每一段，都不是一成不变的，巡航导弹会根据情况进行适当的调整，以避开各种拦截武器或地形。也就是说，巡航导弹的弹道是可变的。
其中，发射段又可以分为陆基发射、舰载发射、潜射、以及机载发射，前三种发射类型通常需要火箭助推发动机，从而让导弹尽快到达目标高度和速度；如果是采用机载发射的话，一般就不需要助推发动机了。
巡航段属于飞行中段，一般是水平飞行，也可在地形匹配制导系统作用下沿着地形贴地飞行，这个阶段巡航导弹的飞行方式就像一架无人飞机，由弹翼提供升力、通过弹载的小型涡喷或涡扇发动机提供推力，从而以一个较为恒定的速度飞行。
攻击段属于飞行末段了，此时弹上的制导装置开始工作，搜索攻击目标，因而飞行姿态会根据搜索状态而改变，一旦锁定目标，飞控系统会操作导弹以最快的速度向目标俯冲而去，直至击中，又或是被拦截武器击落。
一般的巡航导弹普遍采用亚音速飞行方式，少数会采用全程超音速巡航；而有的巡航导弹则以亚音速做中距巡航，只在末端进行超音速飞行。
而弹道导弹，说白了就是遵守弹道学规则的导弹。它虽然也是靠火箭发动机来发射升空，但并不是全程都有动力的，在到达预定弹道的顶端后，发动机一般都是抛弃了，然后剩下的弹头部分就沿着预定的弹道自由落体，直到最终击中目标。一般来说，弹道导弹的运动轨迹是早就设定好了的，除了那些能够末端机动的弹头外，其余弹头在进入下降段后，弹道是无法更改的。
巡航导弹和弹道导弹最大的不同，主要在于它们的“弹道”。
弹道导弹装备的是火箭发动机，主要靠设定的抛物线，即弹道飞行，飞行轨迹一般不可变。中远程弹道导弹会再入大气层以获得更大的动能，十分难以拦截，近程弹道导弹在大气层内部飞行。弹道导弹的末段速度非常快，甚至能超过20倍音速。另外，洲际弹道导弹只把弹头送上太空，弹头运动到目标上方后再砸下来。
巡航导弹则是靠空气发动机产生推力，它完全可以贴着海面、地面飞行，就像普通的战斗机一样。它的弹道既可以根据制导途中的数个数据点实现变轨，也可以根据地形匹配、卫星定位等手段变轨，攻击路径非常灵活。
而且弹道导弹的重量、体积、荷载、动力系统、射程都比巡航导弹大的多，且拥有搭载多枚弹头攻击多个目标的能力，这些方面巡航导弹则很难做到了。
另外，这两种导弹在执行任务上也有区别。弹道导弹偏重于战略用途，可打击敌人的大中型城市，对精度要求不高。在上世纪50年代有了核武器之后，它也主要作为核武器的运载工具。而巡航导弹偏重于战术打击，要求其打击精度较高，目前各国现役的巡航导弹，精度都可达到米级了。
