西瓜枯萎病是一种土传病害，主要在土壤和病残体上越冬，通过带菌种子、土壤、肥料、灌溉水、昆虫及人为传播。该病菌存活能力强，一般在旱田中可存活以上，甚至在通过牲畜消化道后依然可以存活。一般夏西瓜6月中下旬开始发病，7月份中旬至8月份上旬为发病盛期。高温高湿是发病的重要外部条件，温度在8℃～34℃时发病多。病后遇旱或时雨时晴的气候条件下发病多。另外，连茬种植、微酸性土壤、偏施氮肥、土壤黏重以及排水不良等均会导致或加重枯萎病的发生。
西瓜枯萎病甜瓜枯萎病病茎百分之百带菌，种子也带菌。该病以病茎、种子或病残体上的菌丝体和厚垣孢子及菌核在土壤和未腐熟的带菌有机肥中越冬，成为翌年初侵染源。在土壤里病菌从根部伤口或根毛顶端细胞间侵入，后进入维管束，在导管内发育，并通过导管，从病茎扩展到果梗，到达果实，随果实腐烂再扩展到种子上，致种子带菌。生产上播种带菌的种子出苗后即可染病；在维管束中繁殖的大、小分生孢子堵塞导管、分泌毒素，引起寄主中毒，使瓜叶迅速萎蔫。地上部的重复侵染主要通过整枝或绑蔓引起的伤口。该病发生严重与否，主要取决于当年的侵染量。高温有利于该病的发生和扩展，空气相对湿度90%以上易感病。
