十三、其他注意事项
（一）土地增值税清算后应补缴的土地增值税加收滞纳金问题纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。
（二）土地管理部门凭税务部门出具的土地增值税完税（或免税）证明，办理土地使用权的权属变更登记，更换《国有土地使用证》。凡未取得主管税务部门发放的完税（或免税）证明的，土地管理机关不予办理土地使用权的登记及过户手续，也不发放《国有土地使用证》。
（三）按照土地评估价格计税的纳税人，可委托经省级以上土地管理部门授予评估资格的土地评估机构进行有关的评估。
纳税人有下列情况之一的，需要对房地产进行评估，并以评估价格确定转让房地产收入，扣除项目的金额：1.出售旧房及建筑物的；2.隐瞒、虚报房地产成交价格的；3.提供扣除项目金额不实的；4.转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的。
（四）关于已缴纳的契税可否在计税时扣除的问题
对于个人购入房地产再转让的，其在购入时已缴纳的契税，在旧房及建筑物的评估价中已包括了此项因素，在计征土地增值税时，不另作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除。
（四）关于计算增值额时扣除已缴纳印花税的问题
细则中规定允许扣除的印花税，是指在转让房地产时缴纳的印花税。房地产开发企业按照《施工、房地产开发企业财务制度》的有关规定，其缴纳的印花税列入管理费用，已相应予以扣除。其他的土地增值税纳税义务人在计算土地增值税时允许扣除在转让时缴纳的印花税。
也就是说房地产公司不直接扣除印花税，因为已经包含在房地产公司五项扣除项目中的房地产开发费用里，视同扣除了印花税。（本文七、（三））
（五）营改增后，土地增值税纳税人接受建筑安装服务取得的增值税发票，在发票的备注栏注明建筑服务发生地县(市、区)名称及项目名称，否则不得计入土地增值税扣除项目金额。
本文相关文件：
1、《中华人民共和国土地增值税法（征求意见稿）》征求意见
2、《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（中华人民共和国国务院令第138号）
3、《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法字〔1995〕6号）
4、国家税务总局《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔〕187号）
5、国家税务总局《关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告》 (国家税务总局公告第23号)
6、财政部 国家税务总局《关于调整房地产市场若干税收政策的通知》（财税字〔1999〕210号）
7、财政部 国家税务总局《关于土地增值税普通标准住宅有关政策的通知》（财税〔〕141号）
8、国家税务总局《关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔〕220号）
9、国家税务总局国家土地管理局《关于土地增值税若干征管问题的通知》（国税发〔1996〕4号）
10、财政部 国家税务总局《关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字〔1995〕48号）
11、国家税务总局《关于印发《土地增值税清算管理规程》的通知》（国税发〔〕91号）
12、财政部 国家税务总局 国家国有资产管理局《关于转让国有房地产征收土地增值税中有关房地产价格评估问题的通知》（财税字〔1995〕61号）
13、国务院办公厅转发建设部等部门《关于做好稳定住房价格工作意见的通知》（国办发〔〕26号）
